مكث مصلوباً خمسين شهراً عرياناً فلم ير له احد عورة ستراً من الله له وذلك بالكناسة بالكوفة فلما كان في ايام الوليد بن يزيد بن عبد الملك وظهر ابنه يحيى بن زيد بخراسان كتب الوليد الى عامله بالكوفة ان احرق زيداً بخشبته ففعل به ذلك واذري في الرياح على شاطئ الفرات قال ابن عساكر صلب عاريا فنسجت العنكبوت على عورته وقيل تدلت قطعة لحم منه فسترت عورته.
ورأى جرير بن حازم كما في مقاتل الطالبيين وتهذيب التهذيب النبي صلّى الله عليه وسلّم في المنام وهو متساند الى جذع زيد بن علي وهو مصلوب وهو يقول للناس اهكذا تفعلون بولدي. وقال ابن عساكر ان الموكل بخشبته رأى النبي (ص) في النوم وقد وقف على الخشبة وقال هكذا تصنعون بولدي من بعدي يا بني يا زيد قتلوك قتلهم الله صلبوك صلبهم الله فخرج هذا في الناس فكتب يوسف بن عمر الى هشام ان عجل الى العراق فقد فتنوا فكتب اليه هشام ان احرقه بالنار. وجازى الله يوسف بن عمر على سوء فعلته في دار الدنيا والعذاب الآخرة اشد وابقى فانه لما ولي يزيد بن الوليد استعمل على العراق منصور بن جهور فلما كان بعين التمر كتب الى من بالحيرة من قواد اهل الشام يأمرهم باخذ يوسف وعماله فعلم بذلك يوسف فتحير في امره ثم اختفى عند محمد بن سعيد بن العاص فلم ير رجل كان مثل عتوه خاف خوفه ثم هرب الى الشام فنزل البلقاء فلما بلغ خبره يزيد ابن الوليد وجه اليه خمسين فارساً فوجدوه بين نسوة قد ألقين عليه