أفكارهم وتداول معارفهم واستمروا على هذا المنوال حتى القرن الرابع بعد الميلاد.
وفي هذه الفترة اعتنق إمبراطورُ الروم المسيحيةَ ، وتبنّى أفكارها باعتبارها آراء الدولة الرسمية ، إلا أنه في ذات الوقت فتح أمام العلماء أبواب النقد لطرح آراءهم ووجهات نظرهم ، وعلى أثر ذلك تدهورت الأوضاع وتفاقمت الأمور بفعل التعارض والتضارب في وجهات النظر بين الكنيسة والعلماء مما دفع الإمبراطور (جستنيان) إلى إصدار أوامره بغلق المراكز العلمية والجامعات والمعاهد الفكرية ، وتعطيل المدارس في أثينا والإسكندرية ، ففر العلماء خوفا من البطش والتصفية الجسدية ، وحينها انطفأ مشعل العلم وانتكست راية المعرفة ، ومنها دخلت أوربا في عصورها المظلمة ، والتي تسمى أيضا بالقرون الوسطى ، حيث استغرقت ألف عام من الزمان ، وعلى نحو التحديد من أوائل القرن السادس بعد الميلاد وانتهاءً بالقرن الخامس عشر بعد الميلاد وامتازت هذه الفترة باستيلاء الكنيسة على المراكز العلمية استيلاءً تاماً؛ فكانت المباحث العلمية والفلسفية تفرضها الكنيسة على أنها تعاليم دينية لا تقبل النقاش.