وتولى كرئيس للتفتيش بوزارة العدل سنة ١٩١٩ ثم رئيسا لمحكمة مصر الكلية الشرعية سنة ١٩٢٠ فرئيسا للمحكمة الشرعية العليا سنة ١٩٢٣.

وأمر بإجراء إصلاحات هامة حيث شكل لجنة لتنظيم الأحوال الشخصية ووجه اللجنة إلى عدم التقيد بمذهب الإمام أبي حنيفة.

وأصدر عام ١٩٢٠ قانون الأحوال الشخصية وعدل (قانون الطلاق) ونادى بفتح باب الاجتهاد ودعا إلى (توحيد المذاهب).

وحدث أنه كان ينظر قضية كبيرة تتعلق بملايين الجنيهات ولوح له أصحابها بآلاف الجنيهات إن حكم لصالحهم ورفض فألقوا عليه ماء نار فأصاب عنقه ووصف المجرم وقبض عليه ونال العقاب.

ومن المحن التي تعرض لها أن (الملك فاروق) لما طلق زوجته (الملكة فريدة) أراد أن يحرم عليها الزواج بعده. ورفض الإمام المراغي أن يصدر فتوى. بذلك. وذهب الملك إليه وكان يعالج في مستشفى المواساة فقال كلمته المشهورة : (فأما الطلاق فلا أرضاه وأما التحريم فلا أملكه) ولما غلظ عليه فاروق صاح الشيخ (إن المراغي لا يستطيع أن يحرم ما أحل الله) وفي سنة ١٩٢٨ م تولى مشيخة الأزهر وقام بأعمال جليلة.

ونادى بالعناية بحفظ القرآن والاهتمام بدراسة علومه ودراسة السنة وحرص على منع التعصب لمذهب ، ودعا إلى دراسة الأديان الأخرى والمقارنة بينها.

ـ وكان من الداعين ألا تجر البلاد إلى الحرب بين الحلفاء والمحور (فإنها حرب لا ناقة لنا فيها ولا جمل) ولما احتد عليه رئيس الوزراء خوفا من غضب انجلترا صاح به (أتهددني وأنا شيخ الأزهر).

(إن شيخ الأزهر أقوى بنفوذه من رئيس الوزراء) (ولو شئت لا رتقيت المنبر وأثرت عليك الجماهير حتى تجد نفسك معزولا عن الشعب).